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電熱鼓風干燥箱基于地高辛、生物素和熒光標記分子的標記和檢測系統是常見的原位雜交檢測方法。
熒光標記檢測常為直接探針標記方法，如在dUTP/UTP/ddUTP上連接Fluorescein后進行核酸標記。由于標記在核酸上的熒光分子必須經受雜交和洗脫過程中的考驗，以及熒光分子易于衰減，其檢測靈敏度受到一定的影響。但對熒光分子的直接檢測呈現的背景較低。

間接標記的方法中應用了報告分子標記的探針，報告分子通過親和酶促的方法進行顯色。常用的報告分子如地高辛，生物素。結合地高辛抗體或鏈霉親和素上耦聯的酶系統進行間接的底物反應檢測。地高辛標記核酸的歷史可追溯到1987年，由于地高辛是洋地黃的花和葉中特有的成分，檢測時使用的地高辛抗體不會結合于其他的生物分子。這是相較于生物素標記系統的優勢。地高辛抗體上可耦聯堿性磷酸酶、過氧化酶，及熒光分子和膠體金等，根據不同的應用需求，呈現高信噪比的核酸檢測結果。但需注意，由于引入了免疫檢測反應，在放大檢測靈敏度的同時，應注意樣品內源性酶的滅活，以降低檢測背景。

通過不同標記方法的聯合應用，還可在同一樣本中實現染色體不同區域或細胞樣本中不同RNA序列的多重檢測。